推薦宮野志保和步美gl小說
① 以前看過一個帖子，好像是柯南的結局。
柯迷推測結局大全：http://tieba..com/f?kz=851895901
② 關於名偵探柯南的小說，要男主，女主是小哀，無種馬。OK
以下推薦一些比較經典的已完結的柯哀文~
《太陽王的選擇》作者：poseidon_ein
《棕發少女》 作者：深藍珠灰
《五月雪》作者：Tingi
《血紅的玫瑰》作者：黛雪蘭香
《十年流光殘影，韶華似水難易》作者：蝶凝忘川
《若已不能再懷念》作者：蝶凝忘川
《為你造天堂》 哀色汐陽
《愛情的天空沒有流星》作者：beatitude_s
《哀歌》 作者：江戶川鳳苗
《明天》 作者：江戶川鳳苗
《柯哀高中的事件簿》作者：江戶川鳳苗
《游戲》作者：完美哀 無色專輯封底
《夏雪，光年》作者：宮野芬
《最後的最後》作者：耶穌の淚
《七天》作者：耶穌の淚
《此去經年》作者：完美哀
《playtime》作者：當之未哀
《遺忘的花開時》作者：麥家小貓
《我只在乎你》作者：成冰的雨點
《笑紅塵》作者：成冰的雨點
《輪回的諾言》作者：成冰的雨點
《六天七夜》作者：地獄小魔女
《再見大偵探》作者：DemonAi
《情人》作者：煙淮
《你是我的風景》作者：—櫻花祭—
《那一天，新蘭結了婚》作者：菇涼
③ 推薦幾本名偵探柯南的同人小說。最好多一點。
《名偵探柯南志混吃等死》作者：海倫因《惡作劇（柯南同人）》作者：longly
主角：吉田步美，江戶川柯南
《柯南同人Gambling》作者：陌城舞
主角：宮野志保，工藤新一，白馬探
《當我進入柯南的世界》作者：血寒霜
《穿越柯南之魔女名偵探》作者：夏沫奈雪
《從還魂開始的異世之旅》作者：天蠍燈
主角：椎名淺穗（尤琳）《（柯南）悔殤》作者：山崖線
主角：Gin（琴酒），Vanessa，Vermouth（貝爾摩得）......
④ 除了小蘭、灰原、步美喜歡新一（柯南）外，我記得貌似還有一個人喜歡他，突然記不起來了，誰幫我想想太謝
灰原哀（宮野志保）（後期較明顯，尊重新一的選擇，但新一隻當她為夥伴）；吉田步美（早期很明顯，喜歡變小的柯南，曾親過柯南，但柯南只當她為夥伴）；內田麻美（向新一告白，但被拒絕了，TV 100~101《初戀情人回憶事件》中最後部分提到）；星野輝美（在《偶像們的秘密》一集中曾提起，拿著新一的剪報陶醉）；伊東惠（伊東玉之助的妹妹，喜歡柯南，在TV452中有表白）；三上鈴（TV 61~62《幽靈船殺人事件》中出現，喜歡柯南，曾讓柯南親自己）；中北楓（TV 638～639《在紅葉御殿解開謎題》中出現，喜歡柯南，在TV639片尾曲後直接要柯南做她未來的新郎）；很多女生粉絲（曾以高中生偵探身份出現於媒體上而得到不少女生愛慕，見於TV 1、TV 191等）
⑤ 柯南穿越同人小說，男主的，女主是宮野志保/灰原哀，貼吧的也行，
名偵探柯南之混吃等死
罪惡一生
哀，你只屬於我（貼吧中的，還在更新中）
柯南同人之哀我會保護你的
⑥ 找一片GS文，大概是講宮野志保（小名sherry）生活在一條黑街上，之後與gin邂逅，後兩人結婚
確定是快斗被打么？
園子和志保關系很好的文倒是有一些，但是同時快斗被打的…我只看過一篇新一被打的：http://tieba..com/f?kz=20050308
你看下是不是吧，我再去找一下，太久沒看文都忘了
⑦ 名偵探柯南同人小說完結
1 .（柯南同人） 世界上除了青山大神外唯一知道內幕的作弊穿越
文章簡介——
當你發現你穿越了後會有什麼感受？
當你發現你穿到的是那個沒有念能力，沒有靈力，但是卻是犯罪率極高的柯南世界時，又會有什麼感受？
那當你發現你是黑暗組織leader的孫女，組織的第二繼承人時，你還會有什麼感受？
三個字.....
——.救命啊！！！！！
PS:看起來貌似文案很小白，女主背景很瑪麗蘇，但是其實這文一點也不白，不蘇。
絕對是難得一見的柯南好文！！！——除了標題很RP，讓小卡很怨念以外。。。
2.（柯南同人）黎明前夕
文章節選——
好不容易，我恢復了神志，看著手上的鑽戒——這下使木已成舟，賴都賴不掉了！可是，小蘭的捧花怎麼會好巧不巧落到我手上？！
我抬頭看著那對新人：新一是一臉得意；小蘭的臉上……我沒看錯吧，我怎麼從她臉上看到了抱歉？？難道……
——這次的伴娘就算了，不過下次的喜酒我可是吃定了！
不會吧！我趕忙再瞅瞅平和、快青，不是吧，都是一幅瞭然於胸的表情，難道至始至終只有我一個人蒙在鼓裡？！！可惡，連小蘭也騙我，這種感覺真的、真的——
很——討——厭！！！
不過「敵眾我寡」，現在我只能把矛頭對准一個人：
「白馬探，這輩子你別想翻身了！！」
二。名偵探柯南同人BL系列
1。【柯南同人】白日做夢
文章簡介——
再沒有什麼，比一覺醒來看見自己的臉更為驚悚的事。
黑羽快斗很不幸的成為其中之一。
他以為，這只不過是個普通的不必在意的噩夢。
但被小泉紅子的怨念附身的老天爺很慈祥地告訴他——
那僅僅是份餐前甜點，主食還在後頭。。。
2.【名偵探柯南】血色纏綿
範本西是個溫潤的男人，卻有著倔強的天性。
他不想去計較來到這個世界的原因，他只想活下去
——和那個男人一起活下去。
哪怕鮮血滿身，也絕對不離不棄！
主角死後重生名偵探柯南的世界，第一人稱。
為了不蘇所以可能出現代入感不強的缺陷。非劇情君。
3. 從還魂開始的異世之旅
女主遇見受到詛咒的貓，從此進入柯南世界冒險
在和柯南一起面對各種案件謎題的時候，另一條隱含的線也在展開——
——守護寶石潘多拉的一個種族，因潘多拉遺失而受到詛咒，族人都變成了貓。五個守護者各繼承一枚守護石，擔負起尋找潘多拉的主要任務……而空之石第六代繼承人，在遇見女主後，用其穿越時空的力量，幫助女主進入柯南世界
女主逐漸與柯南中的主要人物接觸，同時原本分散在各地的守護者也接連出現……到底在不為人知的背後，隱藏著怎樣的秘密？守護者為何集中起來了？
而女主靈魂穿越後借用的身體，屬於一個被捲入陰謀的小女孩，本來死去的女孩，在女主靈魂的驅使下「重生」，便又引發一場偵探與黑衣組織的較量
無簡介：
柯南同人之伊舞天空
成神之穿越柯南
對不起新一,我愛上了柯南
柯南同人之我是你的專屬
柯南我只在乎你
我和步美搶柯南
穿越守護甜心和柯南世
柯南 月下魔術師
怪盜的愛戀物語
⑧ 求一個名偵探柯南的同人小說，情節梗概見下，好像是很早的同人了，求全文
第一部分：江戶川文代二度現身
江戶川文代又一次來到毛利偵探所，說要帶柯南去游樂園。柯南以為她又是美希子所扮，便不加懷疑的跟上了文代的車。但在車上柯南卻被江戶川文代用手槍控制。原來她是黑衣組織的人，柯南的身份已經被組織完全發現了！
柯南在慌張中還是利用麻醉槍射中了偽裝成文代的敵人，在車子沖下大橋前逃脫，往阿笠博士家奔去。
與此同時Gin從學校綁架了少年偵探團，並威脅哀交出她研究APTX4869解毒葯的數據資料。哀為了救大家把資料給了組織，並被Gin押上了車。
而Gin在開走前卻暗中告訴Vodka在他離開之後就殺死少年偵探團的三人。
在Vodka要槍殺少年偵探團時，柯南終於找到了那裡救了大家，但Vodka還是逃走了。並說組織在等著工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－覺醒！
柯南來到博士家用追蹤眼鏡找到了哀的下落。柯南留下了一張寫明一切的磁碟讓博士轉交給蘭，決定自己去面對黑色組織。
但磁碟被闖入博士家的英語老師Judy拿走了，原來她是黑衣組織上層安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新發明彈射坐椅欺騙了Judy，逃過一死來到了毛利家。當阿笠博士正想告訴小五郎和蘭現在的狀況時，卻發現坐在偵探所客廳里的毛利呈現出沉睡的小五郎的姿勢！而毛利面前的筆記本上寫著「工藤新一」「柯南」「黑衣組織」等等。
原來毛利早就懷疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是為了調查出柯南的真實身份和整個事件。毛利在沉睡般的深思中展現出他真正的實力，通過柯南留下的磁碟資料推理出了黑衣組織的所在。
與此同時，FBI特工赤井秀一來到同事Judy家，意外的發現了的柯南的磁碟。他偷偷的把磁碟取回了家。秀一解開密碼後閱讀了柯南的自述以及對整個事件的推理。他對同事Judy的身份開始懷疑，但卻突然被人從後面擊昏。
而這時在米花町，放學回家的蘭在門口意外的聽見了小五郎和阿笠博士的對話，終於確定了柯南就是新一！蘭在淚水中決意要以性命為賭注，為救回新一與黑衣組織絕一死戰！
第三部份：小說家的意外訪客
赤井秀一被Judy帶回了組織。Gin威脅秀一加入組織，最後的考慮時間為2小時。
因為有了哀的數據和配合。兩小時之後，組織的葯物數據計算終於就可以完成。也就是傳說中的「同時成為上帝和魔鬼。讓時間倒轉，死人復活」葯物的完成。
在世界的另一邊，工藤優作和美希子也收到了博士的消息。優作第一次讓美希子進入了他的密室，原來這里就是工藤優作獨自對抗黑衣組織的總部。而小說家不過是個用來收集資料的幌子。
工藤優作和美希子明白決戰的時刻已經來臨。收拾裝備之時，前門突然出現了意外的訪客——目暮警官。
目暮警官撕下自己臉上的偽裝。優作驚訝的發現到來的客人居然是自己從學生時代便結交的死黨，自己還當了他兒子的教父！
他就是曾經揚名世界的偉大魔術家——黑羽先生！
優作看見10年前已經被判定為失蹤的老朋友非常吃驚。而黑羽開門見山的告訴優作，自己這十年也一直在獨自對著抗黑衣組織。方式就是讓自己的兒子黑羽快斗在世界范圍內尋找一塊特殊的寶石。而就在今天快斗卻給他發來了代表最後決戰的消息：關於寶石、新一、黑色組織以及人類的未來。他這才以黑羽的身份重新回到人間！而他的兒子也被人稱為平成的亞森羅賓。優作這才恍然大悟，原來自己的教子就是怪盜基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚來到了東京塔下，東京世界博覽會正在這里召開。原來黑衣組織的本部就是東京的中心！柯南騙過了警衛進入了地下室的暗門。
這里是另外一個地下王國。柯南利用阿笠博士交給他的電腦在警衛房間里侵入了黑衣組織的電腦中樞，正在向外傳播加密數據時，柯南意外的被人從後面擊昏，那個人居然又是Gin。
得到部份數據的阿笠博士將大家所擁有的信息整理到了一起，由優作和小五郎一起推理出了驚天的結論：黑衣組織的老闆可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣組織的的支持者！組織的一部分重要功能就是以非法手段達到日本的擴張！
而美國政府也早有察覺了這一點，並且指使FBI特工暗中介入。事實上美國也想通過操作組織來控制日本。
當分析出這一結論之時，毛利租來的車子已經開到了東京塔下。
關押赤井秀一的房門突然打開，走進來的是——「Sherry」。
第五部份：接近
畫面在赤井秀一的回憶中展開。他居然是宮野志保的童年最珍貴的夥伴，是唯一願意和宮野志保玩的孩子。也正是因為這樣，赤井秀一才在第一眼就解開了哀身份的迷題。
哀並不承認自己的身份，她說可以放走秀一，條件是要他永遠不要再回到這里。兩個人在爭吵的時候Judy出現了，秀一為救哀而死，留下遺言：「無論在那個世界，你叫什麼名字，我都能找到我的天使。」Judy黑色的槍口指向了哀。
這時毛利小五郎也闖入了組織內部，在組織訓練殺手的道場用空手道打敗了一群職業殺手。就在他洋洋得意之時，總教練出現了，居然是日本空手道冠軍風間仁。小五郎被打敗了，但跟蹤而至的蘭卻跳了出來，蘭在被風間的實力打入絕望之時耳邊傳來新一的呼喚，蘭終於爆發奧義，一擊之下擊倒了號稱不敗的風間。
Judy正要槍殺哀時，Gin突然出現了，把槍口對准Judy。他命令Judy放下槍，並說哀對組織還有用。Judy奇怪的問：「不是你要我到這里來殺死她的嗎？」Gin突然扣動扳機，一張撲克牌打中了Judy的手。原來這個Gin是基德扮成的。基德讓哀先去救柯南，自己在這里看著Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而這一切都被組織內部的攝像機拍攝到了。
這時優作也已經趕到了東京，越來越多的信息匯集起來，在他的特殊計算機分析下顯示出了一個結論。優作看著屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一個
Gin和Vodka不知去向，哀順利的找到了柯南。原來在地下還有組織的列車，兩人乘著封閉的列車來到了組織的「聖殿」。
聖殿的正前方是一塊巨型液晶牆，上面出現的居然是前首相吉田的臉，他神色猙獰的說出一切。
秘密被完全的解開：基德和他的父親黑羽之所以以寶石為目標，並不是因為寶石值錢的原因，而是因為其中的一塊寶石並非出於地球，而是來自銀河系之外！它特殊的物質可以放出特殊的射線，改變細胞的分裂成長方向，從而讓細胞獲得永恆的生命！
為了在黑暗組織之前找到寶石，黑羽本人假裝葬身雪地，讓自己的兒子扮演怪盜來尋找寶石。但基德卻也一直沒能找到它。因為寶石很早就已經落入了黑衣組織之手，也正是在寶石射線的啟發下，黑衣組織才開始了「不死葯」的計劃。
但又因為想要合理的釋放出寶石的能量必須解開特殊的方程，需要設計出高級的程序來計算射線的不同狀態，組織於是才在世界范圍內招募最一流的電腦程序員。
屏幕上吉田所有的話被阿笠博士用無線電傳給了外面的毛利等人，大家都非常驚訝。哀說：「不要再躲躲藏藏了，快出來和我們一決勝負吧。」
「恐怕他是不會出來的。」柯南低下頭，眼鏡閃著銀色的光芒說出了令人震驚的話：「因為他早就死了。」
第七部份：人的戰斗
柯南完美無暇的推理出了不可思議的結果：吉田首相早在5年前就死去了，殺手正是這個地方的安全保衛系統。也就是說，現在黑衣組織的最高頭腦，就是這台具有人工智慧的電腦而已，它以利益時間比最大化的程序來發布組織的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承認自己的身體的確因為心臟病而失去功能，但自己的腦組織結構和DNA數據被完整的保存在的超級計算機中。只要方程能夠被解開，自己就能獲得重生。這時電腦突然顯示射線的方程被解開了，重塑吉田的工程開始。
吉田哈哈大笑，但相關的機器突然爆炸。還是胚胎條件的新的軀體毀滅了。原來是電腦AI自己下了這個命令，並將吉田的所有數據都刪除了。AI認為自己完全統治黑衣組織才是最大化的利益。
這時大殿的頂棚突然打開，地面升了起來。柯南發現他們居然到了在停K在東京灣的巨輪甲板上。原來這艘作為黑衣組織大腦的巨輪長期飄盪在太平洋中央，用通訊衛星來操縱世界各地的成員。
站在甲板上迎接他們的是持槍而立的Gin。
Gin向柯南扣動了扳機。
第八部份：江戶川柯南VS工藤新一
哀擋住了射向柯南的子彈，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨輪的自動排外系統啟動。目標是一切生命體，Gin被桅桿的狙擊槍射中，一發又一發直到確認心臟停止。
柯南死死的擋在哀的身上，萬幸的是他們的因為目標過小不予判定。
天空漸漸就要亮了，哀微笑著拿出粘血的葯丸，世界上唯一的一顆APTX4869解葯。
「柯南，好想永遠和你在一起。但我們沒有機會了吧。」哀握著解葯的手伸向柯南的臉：「吃下去吧。」
「笨蛋！這顆解葯只要得救之後分析成分就能復制了啊！」柯南抱緊了哀。
「不要。」哀突然大聲的咳嗽起來，在一瞬間把葯塞進柯南的嘴裡。「你還不明白嗎？」哀看著柯南意外的吞下葯丸，緩緩露出笑臉：「這是科學和推理無法解釋的問題呢！」哀在閉上眼睛的時候用只有柯南聽得見的聲音說：「不是工藤新一。我愛的人，是江戶川柯南。」
「哀——」葯物和心意一起讓柯南感覺無比疼痛，他昏了過去。
優作和小五郎在突然之間靈光一閃。優作終於找到了破解這個由科學與邏輯組成的巨大機器的銀色子彈。
第九部份：銀色彈丸，我們的約定
人類擊潰一切邪惡與魔鬼的銀色彈丸就是無可代替的「愛」。「愛」就是科學與邏輯永遠無法解釋的程序。
工藤優作發送的銀色彈丸在以瞬間傳導到了電腦中樞。超級計算機由於溢出的計算以及以及無法模擬程序方式而最終崩潰。巨輪倒數五分鍾的自爆裝置開始啟動。新一在迷迷糊糊中聽見了熟悉的呼喚：「新一！新一！」還有直升機的聲音。
一切都結束了：巨輪在太陽升起的時候爆炸了。
新一坐在了海邊見那種比太陽還要耀眼的光芒，暗想：「江戶川柯南已經不存在在這個世界了。他已經和哀一起去了屬於他們的幸福花園。而我……」他轉過頭看見立在身後淚水瑩瑩的蘭。
「終於實現了，我們的約定！」新一把蘭緊緊的抱在懷里，很久很久。
新一突然看見站在遠處朝霞里的少年偵探團，他習慣性的想跑過去和大家一起，但腳步又突然停住。新一緩緩的轉過身去，用只有自己能聽見的聲音說：「大家，再見了。」
他慢慢的往另一邊的人群中走去，沒有回頭，咬緊牙齒淚水居然都忍不住模糊了眼睛。一顆很大的淚珠突然滑落，之後更多的淚水緊隨其後落下。
新一聽見步美的聲音：
「再見了，柯南同學。」
柯南大結局＿第987集 黑暗組織的秘密
《柯南》第987集 黑暗組織的秘密 （大結局）
內容:
背景：隨著調查的深入，黑暗組織逐漸現形，工藤優作因發現組織的
龐大而拜託國際刑警插手。在日本警方及柯南的協助下幾次阻止了
其活動，黑暗組織決定報復。
黑暗組織偷襲了阿笠博士的家，捉住了少年偵探團，並留下了要工
藤新一獨自前往營救的暗示。
在黑暗組織的總部，Gin發現了哀的真實身份並以少年偵探團的生
命要挾其製作縮小葯的解葯。早已深思熟慮的哀在一天內製作出解
葯和假死丸，並巧妙的將胖子的毒葯換成假死丸。Gin果然在得到解
葯後命胖子殺死阿笠及少年偵探團。。。。
柯南迅速揭開暗示之謎，並趕往黑暗組織的總部，而一切被蘭看
到。在蘭的要求下，小五郎和警方對暗示苦思不解，小五郎在睡夢
中突發靈感而揭開謎題。
在黑暗總部，組織boss大犬出現，其竟是日本內閣大臣。大犬道
出黑暗組織的秘密：裕仁天皇臨終前留下一份血書，寫有黑暗雲雲。
內閣以為是天皇要建立黑暗組織的遺願。因而黑暗組織一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而時隔數十年組織仍無法真正揭開血書的
含義。
Gin給哀服下解葯後告訴胖子釋放哀。對大哥唯命是從的胖子放
了哀，突然Gin被槍擊倒。真正的Gin出現並揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此時說出基德之父其實是組織的特工，從事盜竊工作，而後
來因組織的行動得罪外國而被迫殺其頂罪。
Cris（女教師）道出柯南是新一的秘密，交給柯南一份血書，要求
其揭開血書之謎並以縮小葯的解葯誘惑。柯南解開血書之謎，原來
是天皇死前寫下的懺悔和對日本未來的擔憂。大犬立時呆在當
場。。。。。
蘭趕到現場，正碰到Gin要柯南留遺言。柯南對蘭道出真相並表白
後Gin開槍，蘭替柯南擋下子彈。哀對此震驚不已。。。。。。。
柯南終於在緊要關頭用麻醉槍射中Gin，而哀與胖子在搏鬥中一同
從樓上跌下。
對葯物有強烈抗性的Gin居然轉醒，射殺大犬後欲殺科南。而對
coolguy十分欣賞的Cris出手阻攔，兩人都受了重傷。
工藤優作，小五郎和目暮等人趕到，小五郎對組織的小嘍羅大打
出手，十分英勇。
在眾人的圍攻下，Gin道出自己的野心和自己身為天皇與美國女
政治家Gino的私生子的秘密後自殺。Cris此時說出自己是美國安插
在組織里的間諜，原來美國也想控制組織。
基德離去之後眾人急忙將蘭和哀送往醫院，並驚訝的發現哀又變
回小孩。
黑暗組織被偵破，而解葯只剩下一顆。哀被診斷為腦震盪，醒來
後只記得眾人名字而對其他忘的一干二凈。蘭仍昏迷不醒，大夫說
若長期昏迷可能變植物人。服部建議科南變回新一來喚醒蘭，科南
只好如此。而科南變身時被布美看到。
深夜布美來到病房偷吻了新一後離去，並與光彥，元太約定保守
新一的秘密。
蘭終於在新一的悉心照料下康復。
由於這件案子，眾人都變成名人，蘭很不適應。優作則要求新一
及蘭一起前往美國讀大學。妃回到毛利身邊並要蘭去美國。而毛利
因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時毛利道出早已知道
柯南是新一而故意不說破的真相。
夕陽中，新一看到哀和少年偵探團開心的玩耍而頗感欣慰。
在機場，眾人歡送新一和蘭離去，只有哀偷偷轉過身去對著自
己和柯南的照片垂淚。。。。。。
⑨ 有沒有好看的柯南同人求推薦
《破解災難之謎》很長，不過我超喜歡望採納（註：不是穿越文）
⑩ 名偵探柯南同人完結小說，要男主，不要bl，要後宮。
博士是壞人。。毛利是超人
還有，柯南的解葯，竟然是愛的力量
青山剛昌終於透露了柯南結局
「近來小學館方面在接受雜志采訪時曾表示，打算預定在今年內結束名偵探柯南」。
「根據小學館傳來的證詞，雖然名偵探取得了前所未有的成功，但是考慮到目前劇情已經進入白熱化的階段，再拖延下去只會降低故事的觀賞性，因此雖然有些遺憾，也只能保證劇情為優先」 。
「而對於大家最關心的結局問題，作者青山岡昌沒有過多透露，只是表示會是出乎所有人預料的，同時動畫會先於漫畫結束，而最後的全部劇情將在漫畫內得到徹底解答，至於在柯南完結之後是否會繼續創作基德的故事，青山則表示：『還沒考慮太多，不過如果讀者喜歡的話也沒什麼不可以』。
官方消息，關於哀的問題，青山老師給出了最後的答案，哀在最後的幾集中，被組織以極隱秘的方式所槍殺，目前青山老師的這部分的漫畫已經畫完。具青山老師說，在哀生命即將結束的時候，與柯南{工藤新一}的對話很經典，她就這樣退出了這段本不屬於她的感情。而小蘭被組織綁架了，柯南開始跟組織進行最後的對決。至於結局，大家不要想的很樂觀，青山老師說會出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首腦，就是一直隱藏在他們身邊的阿笠博士DOC。LEE。
事情是這樣的，工藤優作原先就懷疑並且偵察黑衣組織。以小說家的身份為掩護，秘密調查。發現一些線索後特意搬到黑衣組織首腦阿笠家的隔壁住，並且從小培養新一，並派新一和阿笠混熟想藉此偵察一些情報。當阿笠開始懷疑工藤父子的時候，想出一條毒計，他派GIN和沃克跟蹤出去約會的小蘭和新一，大家都看過第一集，其實交易是幌子，真正的目的是跟蹤，於是新一也就被他們變成了柯南。之後，阿笠順理成章地成為了新一的同伴與監護人，並且柯南實際上成了阿笠手中的人質，當時新一的父母第一次出現的那一集，實際是和阿笠談判的，最終的結果是阿笠以柯南要挾他們兩個人流放到瑞士。而優作因為不能和新一說明真相，從而讓新一感到受騙，受到傷害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你們看優作只有103集的時候回過日本，還是變裝的，不能讓阿笠發現。
其實APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母聯合開發的，而成功後哀的父母意外身亡。阿笠留著柯南不死只不過想觀察葯品還有沒有其他的副作用。但是突然有一天，優作和有紀子突然潛回日本，和柯南（103-104集）秘密接觸，讓他感受到了威脅，於是安排一個間諜時刻跟隨在柯南的身邊，那就是灰原哀。哀其實是APTX-4689的第一個實驗品，本來葯的目的是永葆青春，沒想到竟然適得其反產生副作用，造成了身體變小。而柯南事件發生後，哀就成了在柯南身邊卧底的最好人選。為什麼柯南從來沒有被騷擾過就是因為柯南其實一直在黑衣組織最厲害的老大的監視下。毛利小五郎也是因為追查阿笠才從警界退出的，當時槍擊非英里事件只是借口，所以後來暮木說毛利總是把他們引向歧途。
青山剛昌已經給大家提示了，不過因為太晦澀所以沒幾個人看得出來。其實阿笠這兩個字，如果拆解成阿竹立用日文反過來拼寫就是拉丁 文裡面的莫里亞帝。所以阿笠博士其實應該叫莫里亞帝教授——福爾摩斯里的罪惡的教授。
第一部分：江戶川文代二度現身
江戶川文代又一次來到毛利偵探所，說要帶柯南去游樂園。柯南以為她又是美希子所扮，便不加懷疑的跟上了文代的車。但在車上柯南卻被江戶川文代用手槍控制。原來她是黑衣組織的人，柯南的身份已經被組織完全發現了！
柯南在慌張中還是利用麻醉槍射中了偽裝成文代的敵人，在車子沖下大橋前逃脫，往阿笠博士家奔去。
與此同時Gin從學校綁架了少年偵探團，並威脅哀交出她研究APTX4869解毒葯的數據資料。哀為了救大家把資料給了組織，並被Gin押上了車。
而Gin在開走前卻暗中告訴Vodka在他離開之後就殺死少年偵探團的三人。
在Vodka要槍殺少年偵探團時，柯南終於找到了那裡救了大家，但Vodka還是逃走了。並說組織在等著工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－覺醒！
柯南來到博士家用追蹤眼鏡找到了哀的下落。柯南留下了一張寫明一切的磁碟讓博士轉交給蘭，決定自己去面對黑色組織。
但磁碟被闖入博士家的英語老師Judy拿走了，原來她是黑衣組織上層安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新發明彈射坐椅欺騙了Judy，逃過一死來到了毛利家。當阿笠博士正想告訴小五郎和蘭現在的狀況時，卻發現坐在偵探所客廳里的毛利呈現出沉睡的小五郎的姿勢！而毛利面前的筆記本上寫著「工藤新一」「柯南」「黑衣組織」等等。
原來毛利早就懷疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是為了調查出柯南的真實身份和整個事件。毛利在沉睡般的深思中展現出他真正的實力，通過柯南留下的磁碟資料推理出了黑衣組織的所在。
與此同時，FBI特工赤井秀一來到同事Judy家，意外的發現了的柯南的磁碟。他偷偷的把磁碟取回了家。秀一解開密碼後閱讀了柯南的自述以及對整個事件的推理。他對同事Judy的身份開始懷疑，但卻突然被人從後面擊昏。
而這時在米花町，放學回家的蘭在門口意外的聽見了小五郎和阿笠博士的對話，終於確定了柯南就是新一！蘭在淚水中決意要以性命為賭注，為救回新一與黑衣組織絕一死戰！
第三部份：小說家的意外訪客
赤井秀一被Judy帶回了組織。Gin威脅秀一加入組織，最後的考慮時間為2小時。
因為有了哀的數據和配合。兩小時之後，組織的葯物數據計算終於就可以完成。也就是傳說中的「同時成為上帝和魔鬼。讓時間倒轉，死人復活」葯物的完成。
在世界的另一邊，工藤優作和美希子也收到了博士的消息。優作第一次讓美希子進入了他的密室，原來這里就是工藤優作獨自對抗黑衣組織的總部。而小說家不過是個用來收集資料的幌子。
工藤優作和美希子明白決戰的時刻已經來臨。收拾裝備之時，前門突然出現了意外的訪客——目暮警官。
目暮警官撕下自己臉上的偽裝。優作驚訝的發現到來的客人居然是自己從學生時代便結交的死黨，自己還當了他兒子的教父！
他就是曾經揚名世界的偉大魔術家——黑羽先生！
優作看見10年前已經被判定為失蹤的老朋友非常吃驚。而黑羽開門見山的告訴優作，自己這十年也一直在獨自對著抗黑衣組織。方式就是讓自己的兒子黑羽快斗在世界范圍內尋找一塊特殊的寶石。而就在今天快斗卻給他發來了代表最後決戰的消息：關於寶石、新一、黑色組織以及人類的未來。他這才以黑羽的身份重新回到人間！而他的兒子也被人稱為平成的亞森羅賓。優作這才恍然大悟，原來自己的教子就是怪盜基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚來到了東京塔下，東京世界博覽會正在這里召開。原來黑衣組織的本部就是東京的中心！柯南騙過了警衛進入了地下室的暗門。
這里是另外一個地下王國。柯南利用阿笠博士交給他的電腦在警衛房間里侵入了黑衣組織的電腦中樞，正在向外傳播加密數據時，柯南意外的被人從後面擊昏，那個人居然又是Gin。
得到部份數據的阿笠博士將大家所擁有的信息整理到了一起，由優作和小五郎一起推理出了驚天的結論：黑衣組織的老闆可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣組織的的支持者！組織的一部分重要功能就是以非法手段達到日本的擴張！
而美國**也早有察覺了這一點，並且指使FBI特工暗中介入。事實上美國也想通過操作組織來控制日本。
當分析出這一結論之時，毛利租來的車子已經開到了東京塔下。
關押赤井秀一的房門突然打開，走進來的是——「Sherry」。
第五部份：接近
畫面在赤井秀一的回憶中展開。他居然是宮野志保的童年最珍貴的夥伴，是唯一願意和宮野志保玩的孩子。也正是因為這樣，赤井秀一才在第一眼就解開了哀身份的迷題。
哀並不承認自己的身份，她說可以放走秀一，條件是要他永遠不要再回到這里。兩個人在爭吵的時候Judy出現了，秀一為救哀而死，留下遺言：「無論在那個世界，你叫什麼名字，我都能找到我的天使。」Judy黑色的槍口指向了哀。
這時毛利小五郎也闖入了組織內部，在組織訓練殺手的道場用空手道打敗了一群職業殺手。就在他洋洋得意之時，總教練出現了，居然是日本空手道冠軍風間仁。小五郎被打敗了，但跟蹤而至的蘭卻跳了出來，蘭在被風間的實力打入絕望之時耳邊傳來新一的呼
第八部份：江戶川柯南VS工藤新一
哀擋住了射向柯南的子彈，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨輪的自動排外系統啟動。目標是一切生命體，Gin被桅桿的狙擊槍射中，一發又一發直到確認心臟停止。
柯南死死的擋在哀的身上，萬幸的是他們的因為目標過小不予判定。
天空漸漸就要亮了，哀微笑著拿出粘血的葯丸，世界上唯一的一顆APTX4869解葯。
「柯南，好想永遠和你在一起。但我們沒有機會了吧。」哀握著解葯的手伸向柯南的臉：「吃下去吧。」
「笨蛋！這顆解葯只要得救之後分析成分就能復制了啊！」柯南抱緊了哀。
「不要。」哀突然大聲的咳嗽起來，在一瞬間把葯塞進柯南的嘴裡。「你還不明白嗎？」哀看著柯南意外的吞下葯丸，緩緩露出笑臉：「這是科學和推理無法解釋的問題呢！」哀在閉上眼睛的時候用只有柯南聽得見的聲音說：「不是工藤新一。我愛的人，是江戶川柯南。」
「哀——」葯物和心意一起讓柯南感覺無比疼痛，他昏了過去。
優作和小五郎在突然之間靈光一閃。優作終於找到了破解這個由科學與邏輯組成的巨大機器的銀色子彈。
第九部份：銀色彈丸，我們的約定
人類擊潰一切邪惡與魔鬼的銀色彈丸就是無可代替的「愛」。「愛」就是科學與邏輯永遠無法解釋的程序。工藤優作發送的銀色彈丸在以瞬間傳導到了電腦中樞。超級計算機由於溢出的計算以及以及無法模擬程序方式而最終崩潰。巨輪倒數五分鍾的自爆裝置開始啟動。新一在迷迷糊糊中聽見了熟悉的呼喚：「新一！新一！」還有直升機的聲音。
一切都結束了：巨輪在太陽升起的時候爆炸了。
新一坐在了海邊見那種比太陽還要耀眼的光芒，暗想：「江戶川柯南已經不存在在這個世界了。他已經和哀一起去了屬於他們的幸福花園。而我……」他轉過頭看見立在身後淚水瑩瑩的蘭。 「終於實現了，我們的約定！」新一把蘭緊緊的抱在懷里，很久很久。新一突然看見站在遠處朝霞里的少年偵探團，他習慣性的想跑過去和大家一起，但腳步又突然停住。新一緩緩的轉過身去，用只有自己能聽見的聲音說：「大家，再見了。」 他慢慢的往另一邊的人群中走去，沒有回頭，咬緊牙齒淚水居然都忍不住模糊了眼睛。一顆很大的淚珠突然滑落，之後更多的淚水緊隨其後落下。新一聽見步美的聲音：「再見了，柯南同學."
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